Прошло много времени после серии Rockman X. На планете царит порядок Нео Аркадии, во главе которой стоит Мастер Икс. Но в это время небольшая группа сопротивления находит героя Зеро, который когда-то воевал с мистером Икс. Он и будет главным героем нашей игрушки. Отличительная черта от всей серии, в наличии технологии Кибер Эльфов и в другом наборе оружия, которое можно использовать для сражения с противниками. При использовании некоторого вида оружия повышается автоматически опыт его использования. После прохождения всей игры, открывается секретный режим Hard.