Люди Х опять на тропе войны. У вас будет возможность выбрать героя для себя, которым вы сможете управлять. Каждый из них обладает своими особенными приемами и имеет свой набор оружия. В игре со всех сторон вас будут атаковать наемные ниндзя. Кроме них на вас будут нападать боевые машины, которыми руководят те же ниндзя. За спиной ваших противников стоит доктор, который всех их нанял. Он хочет захватить власть над людьми Х.