Известная Метроид на GBA. Самус Аран оказывается на корабле, который заражен неизвестным вирусом. На последней миссии она сама была им заражена, и теперь имеет к нему иммунитет. Именно поэтому сейчас у нее есть возможность справиться с вирусом. Помощником выступает бортовой компьютер, который отправляет Аран в различные части корабля на опасные задания. Во время выполнения заданий она должна отыскать все части своего костюма и справится с огромным количеством врагов. Как и всегда в Метроидах, игра увлекательна из первой до последней минуты.