Триквел Ninja Gaiden отличается обновленной сюжетной линией. Вначале человек, который представляется как Рю Хаябусу, убивает Ирен, агента ЦРУ. В это время настоящий Рю не может понять кому это могло быть нужным и потрясен всем, что происходит вокруг. Именно это заставляет его начать искать настоящего убийцу Ирен. Во всем в игре видно отличный уровень ее разработчиков. Хорошая озвучка и анимация сделали главного героя более похожим на живого. Разнообразие коснулось и геймплея, и графики.